皖南医学院地处素有“长江巨埠、皖之中坚”之称的历史名城——芜湖市，濒临浩瀚长江，汇集江南神秀。学校建于1958年，时为芜湖医学专科学校；1971年并入安徽医学院，为安徽医学院皖南分院；1974年经国务院批准独立建校，命名为皖南医学院；1981年学校获得国务院学位委员会学士学位和硕士学位授予权；1998年一次性通过教育部本科教学工作合格评价；2008年顺利通过教育部本科教学工作水平评估并获优秀等级；2018年顺利通过教育部本科教学工作审核评估。2019年，学校成为安徽省博士学位授权立项建设单位。2020年通过临床医学专业认证，有效期六年。
学校现有银湖校区、滨江校区、赭麓校区三个校区，占地700余亩，各类建筑40余万平方米。其中，新校区濒临长江，绿水环绕，设施齐全，环境优美，徽派建筑风格与现代气息相得益彰，也是我校办学的主校区。学校设有临床医学院、麻醉学院、医学影像学院、法医学院、口腔医学院、护理学院、药学院、人文与管理学院、公共卫生学院、检验学院、医学信息学院、公共基础学院（创新创业学院）、基础医学院、马克思主义学院、研究生学院、继续教育学院等16 个二级学院。
学校初步形成以医学为主、多学科协调发展、布局合理、特色鲜明的多层次办学格局。学校临床医学学科进入ESI全球排名前1%，入选安徽省高峰学科。现有本科专业28个，涵盖医、理、工、管、经、法6 个学科门类，其中国家级一流专业2个、省级一流专业8个，国家级特色专业1个、省级特色专业9 个，国家级专业综合改革试点专业1个、省级专业综合改革试点专业11 个。学校是全国第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校，有临床医学、基础医学、生物学、药学、公共卫生与预防医学等5个硕士一级学科授权点，临床医学、口腔医学、药学、公共卫生、护理和应用心理6个硕士专业学位类别。有国家临床重点专科1个，省重点学科2个，国家中医药管理局重点学科1个,省级重点专科、重点培育专科20个，3个专科入选中国医院科技量值专科百强。现有各类在校生2.5万余人，其中本科生16969人，研究生1421人，成教学生6355人。
学校现有教职医护员工5269人（含直属附院），专任教师1091人，高级职称718人，建成一支结构合理、素质优良的师资队伍，近年来，有7名教师分别荣膺全国、全省优秀教师荣誉称号，14名教师荣膺省级教学名师荣誉称号，12人享受国务院特殊津贴，15人享受省政府特殊津贴，省学术和技术带头6人、后备人选11人。1个教师家庭荣获首届“全国文明家庭”，2个教师家庭荣获“2020年全国最美家庭”。在长期办学历程中，学校拥有一批诲人不倦的知名教授，有创建了我国首个神经病专科病房、撰写首部神经精神专著的刘贻德教授；有我国定量药理学创始人之一的孙瑞元教授；有潜心本草研究六十载，辑复了经典名著《新修唐本草》的尚志钧教授；有国医大师、全国七名内经专业导师之一的李济仁教授；有德技双馨、我校捐献遗体第一人的汪桐教授，更有一大批爱岗敬业的优秀教师、劳动模范、学科带头人和骨干教师。正是一代代皖医人的薪火相传、无私奉献，奠定了学校事业的基础，成为学校最宝贵的办学资源。
学校注重教学科研团队和平台建设，现有国家级虚拟仿真实验教学项目1 个、省级虚拟仿真实验教学项目15个、省级人才培养模式创新实验区1 个、省级教学团队16个、课程思政教学团队2个，省级卓越人才教育培养计划7 项、省级“六卓越、一拔尖”卓越人才培养创新项目6个、省级精品类课程41 门、省级一流课程25门，省级智慧课堂（含试点项目）12门、省级示范实验实训中心7个；有10个省级科研平台：安徽省多糖药物工程技术研究中心、活性生物大分子研究安徽省重点实验室、大学生心理健康教育研究中心安徽省人文社科重点研究基地、重大疾病非编码RNA转化研究安徽省普通高校重点实验室、安徽省皖南地区植物药活性筛选与再评价工程实验室、老年疾病国家临床医学研究中心安徽分中心、安徽省危重症（呼吸疾病）临床医学研究中心、中药药理三级实验室、安徽省药物临床评价中心、国家药物临床试验机构。公开出版《皖南医学院学报》《中国临床药理学与治疗学》2种学术期刊。图书馆馆藏纸质图书98.6万册、电子图书430万册、中外文报刊1116种。
学校高度重视对外交流与合作，坚持开放办学战略，先后与美国、英国、加拿大、马来西亚、香港、台湾等国家和地区的10余所院校建立了校际联系与合作，与8所高校签订了合作协议。近年来，组织选派200余名教职医护员工赴国（境）外参加学术交流、进修、访学、培训等；与美国宾夕法尼亚大学、陆军东部战区总医院、安徽省立医院、先声药业集团等单位和科研院所开展实践教学、科研攻关等方面的合作。2020年，与芜湖市签订市校战略合作协议，共建高水平大学。
学校现有直属附属医院2所，非直属附属医院8所，教学医院20所。第一附属医院（弋矶山医院）建于1888 年，由美国基督教会创办，为安徽省第一所西医医院和全国首批三级甲等医院，是皖南及皖江地区医疗、预防、康复、急救的中心。该院于1926 年创办“芜湖医院护士学校”，1936 年更名为“芜湖医院怀让高级护士职业学校”，曾在国内享有很高的声誉，时有“北协和、南怀让”之称。第二附属医院建于1949年，原为宣城地区人民医院，2012年经省政府批准整体划归我校，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复多功能于一体的公立三级甲等综合医院，具有一批有较高声誉的重点专科、特色专科。
学校始终坚持人才培养中心地位，深化实践教育、社会责任教育和创新创业教育“三位一体”人才培养模式改革，促进人才培养质量不断提高。毕业生深受用人单位和社会各界好评，毕业生就业率始终保持在96％以上，位居全省高校前列，多次荣获省就业工作先进单位称号。建校以来，已为国家输送了近七万名医疗卫生人才，为我省乃至全国的医疗卫生事业发展作出了积极贡献。
自办学以来，学校秉承“精医、尚德、求实、自强”的校训，发扬“艰苦创业、求实自强、奉献社会”的皖医精神，形成了优良的办学传统。站在新的历史起点，学校将以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，聚焦“国内有影响、特色鲜明的区域性高水平医科大学”发展目标定位，深入贯彻创新、特色、应用、开放、协同发展导向，推进质量立校、人才强校、学科引校、特色兴校、依法治校、文化荣校战略，全面提升办学实力和人才培养质量，为建设新阶段现代化美好安徽、服务人民大众健康做出新的更大贡献。
