南京中医药大学创建于1954年，是全国建校最早的高等中医药院校之一，是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校, 学校于2017年入围国家“双一流”建设高校和江苏高水平大学建设高校，2018年成为教育部和江苏省共建“双一流”建设高校。建校之初，学校即为新中国高等中医药教育培养输送了第一批师资，编撰、制订了第一套教材和教学大纲，为新中国高等中医药教育模式的确立和推广作出了开创性贡献，被誉为中国“高等中医教育的摇篮”。
学校坐落于钟灵毓秀、虎踞龙蟠的古都南京，拥有仙林和汉中门两个校区。现有各类在校生2万余名，有33个本科专业，涉及医、管、理、工、经、文6个学科门类，形成了以中医药为主体、中西医结合、多学科支撑协调发展的办学格局。
学校现有国家重点学科3个，国家重点（培育）学科2个，江苏高校优势学科4个，江苏省品牌专业3个，江苏省重点学科10个，国家中医药管理局中医药重点学科33个。学校是全国首批博士学位、硕士学位授予单位，有中医学、中药学、中西医结合、护理学4个一级学科及中医1个专业学位博士学位授权点， 11个一级学科硕士学位及5个专业硕士学位授权点，3个博士后科研流动站。在全国第四轮学科评估中，中医学、中药学、中西医结合三个主干学科均进入A类。临床医学、药理学与毒理学2个学科进入ESI全球排名前1%，2019中国大陆高校ESI机构排名位列第128位，2017年入围U.S.News世界大学排行榜，2018年上榜自然指数国内高校TOP200，入围美国Scimago中国大学“学术”排名前128强，入围“双一流”建设高校本科教育质量百优榜，艾瑞深校友会2019年中国大学一流专业排名100强。
学校始终坚持以学生为中心，肩扛立德树人根本使命，着力推进卓越医生（中医学9年本博一贯制、“5+3”创新拔尖人才）、卓越科学家（中药学“4+5”本博连读创新拔尖人才）和卓越工程师（中药学/药学本硕连读应用人才）培养模式的探索。设有中医学院·中西医结合学院、药学院、医学院·整合医学学院、针灸推拿学院·养生康复学院、护理学院、卫生经济管理学院、人工智能与信息技术学院、国际教育学院及第一、二、三临床医学院等教学机构，与中国科学院上海药物研究所全面合作，共建“新中药学院”（中药学“4+5”本博连读9年制）。拥有附属医院（江苏省中医院）、第二附属医院、附属南京中医院、附属南京医院等6个直属附属医院，29个非直属附属医院、4个中西医结合临床医学院和3所附属药业（江苏康缘药业股份有限公司、苏中药业集团股份有限公司、香港位元堂药业控股有限公司），各类教学及毕业实习基地逾百所。
学校有国家发改委工程研究中心、教育部重点实验室、教育部工程研究中心、江苏省重点实验室、江苏省协同创新中心、江苏省工程研究中心（工程实验室）、江苏省高校重点实验室、江苏高校哲学社会科学重点研究基地、国家技术转移示范中心等多个科研平台。近年来，学校承担国家重大科技专项、国家自然科学基金和国家社科基金重大项目总数位列全国中医药院校前列，先后获国家科学技术进步奖二等奖3项、国家技术发明奖二等奖1项、省部级科学技术奖一等奖5项。近2年在NATURE、 JAMA、JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY、NATURE COMMUNICATIONS等杂志发表多篇高水平论文。
学校师资力量雄厚，名家云集。拥有国医大师6人，“长江学者”特聘教授2人，国家杰出青年科学基金获得者6人，国务院学科评议组成员3人，百千万工程国家级人选7人，国家“万人计划”科技创新领军人才2人，中医药传承与创新“百千万”人才工程岐黄学者5人、国务院政府特殊津贴获得者54人，国家有突出贡献中青年专家2人，国家教学名师和中医药高等学校教学名师5人，何梁何利基金科学与技术创新奖获得者1人，全国名中医4人，涌现出一批全国模范教师和全国优秀教师。学校坚持引培并举，一批年轻教师获得国家自然科学基金优秀青年科学基金和江苏省特聘教授基金资助，一流的师资队伍为创建一流中医药大学积累了坚实的人才基础。
学校是世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心、国际针灸培训中心，是教育部批准接收和培养外国留学生及台港澳地区学生的首批高等中医药院校之一，己经为五大洲培养留学生3万余名。1993年学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学(RMIT)合作开办中医学专业，首开我国与西方正规大学合作开展中医学历教育先河。2010年6月20日，习近平主席出席了我校与RMIT合作建立的中医孔子学院揭牌仪式并发表重要讲话，对我校办学水平给予高度评价。在教育部的支持下，2019年2月学校又与爱尔兰国立大学（高威）签约共建中医与再生医学孔子学院，该孔子学院的建立是贯彻落实习近平总书记“用开放包容的心态促进传统医学和现代医学更好融合”、推进中医药新时代海外发展的积极探索。学校已经与90多个国家和地区的高等院校或学术团体及机构有着广泛交流和合作，先后在大洋洲、欧洲、美洲建立了8个海外中医药中心。
在长期的办学实践中，学校秉承 “学贯中西，至精至诚”的办学理念，坚持特色发展，追求卓越，各项事业快速发展。面向未来，学校将进一步解放思想，深化改革，大力实施“人才强校、学科攀峰、开放协同、文化引领”战略，继续坚持特色发展，加强内涵建设，为创建高水平、有特色、国际化的一流中医药大学而努力奋斗。
