中医系是我院成立最早的一个临床大系，主要承担中西医各科的后期临床教学任务，在编教师52人，其中教授10人，副教授20人，自院系合一、医教结合后，附属医院（浙江省中医院）相应临床科室具有中、高级职称的医编教师亦承担临床教学工作，师资力量更为浓厚,至2002年底医教结合教师已达180多人。
现设有中医内科、西医内科、中医外科、西医外科中医妇科、中医儿科、中医眼科、中医耳鼻喉科、中医骨伤科、中西医结合临床、影像诊断11个教研室及骨伤、儿科、肿瘤3个研究室，教研室正副主任由附院临床科室科主任兼任。
现有中医内科、西医内科、中医妇科、中医儿科、中医骨伤科、中医耳鼻喉科、中西医结合临床7个硕士点及1个中医内科博士点,目前共有在读研究生159人，其中博士生23人，2003新招研究生约90人。
中医内科学为部级重点学科，中西医结合临床学科为省医学重点学科。近三年来教编教师参加科研课题项目46项（均为第一负责人），其中省部级课题3项、厅局级课题20项，获奖科研课题项目15项，其中浙江省中医药科技进步奖一等奖1项、二等奖2浙江省卫生厅一等奖1项，浙江省教育科技进步奖二等奖及浙江省高等学校科研成果奖二等奖各1项；在省级以上杂志发表论文173篇（均为第一作者），其中国家级63篇；出版著作13部，其中主编2部，副主编11部。
