医药工业是一个技术密集型“常盛、常青”的朝阳产业，国际和国内的制药企业及单一药品的生产量均在不断增加，作为新兴交叉整合学科的制药工程专业，近几年得到了很大发展，这方面的人才需求量日益扩大。根据社会需求，结合我系具体的师资、实验、实习及其他教学条件，以省级植物化学重点实验室为依托，经过反复调研、论证，于2002年申报了“制药工程”专业，并获批准，于2003年开始招生，并于2011年获批为“陕西省特色专业”。在近十几年的发展中，积累了宝贵的教学经验，教学、实验和实训条件也不断完善。目前主要分为三个主干方向：化学制药、中药制药及药物质量检测与分析。
本专业现有专业教师14名，其中教授2人，副教授2人，博士9名，硕士4名，形成了一支由教授、博士、硕士组成的学科梯队。近三年来，主持国家级项目2项，主持省级项目6项，市级项目1项，教改项目1项，国家创新创业项目3项。在国内外著名刊物发表论文20余篇，并有多项科研成果获得省、市及校级奖励，已初步形成了“教”、“学”、“研”齐头并进的良好局面。
制药工程专业2013-2016年共招生179人，其中90%以上为陕西生源。2016年在陕最高分468， 最低分445，平均分449.5。近三年来在各类学科竞赛中共获得国家级奖项6人/次，省级3人/次，并获批国家级创新创业项目6人/次，省级4人/次，获批实用专利1项，学生参与教研室教师科研工作多项。本专业学生的毕业率一直维持在98%以上，名列化学化工学院各专业前茅。毕业生的主要流向高等院校、研究所、企业（化工厂、药厂）等，初次就业率平均值在90% 以上。近五年来，本专业的考取研究生人数一直高居化学化工学院各专业前列，其中不乏山东大学、华南理工大学、兰州大学、中国药科大学及西北大学等“双一流建设”重点名校。
制药工程专业的主要课程有：有机化学、物理化学、化工原理、生物化学、药物化学、药剂学、药物分析、制药工艺学、制药工程学等。该专业以化学和药学为基础，以中药制药为特色，依托太白山丰富的中药资源，开展多方位的教学与研究工作。本专业面向研究所、设计院、大中型企业等单位，培养具备中药制药和化学制药等方面的基本知识和实验技能，能在医药、精细化工和生物化工等部门从事医药产品的生产、开发，工程设计，质量控制与分析，应用研究和经营管理等方面的高级工程技术人才。
制药工程实验室用房面积约980平方米，拥有超过1200万元的实验仪器及设备，下设生物化学基础实验室、药物化学实验室、药物合成实验室、生化与药理实验室、药物制剂实验室、制剂分析实验室、专业综合与开放实验室等7个实验分室和1个药用植物标本室，良好的实验条件有效的保证了实验教学的顺利进行。建立了与宝鸡辰济药业有限公司、西安吉世药业有限公司、成都维奥药业公司、杨凌济康制药、宝鸡金雁公司等多个实习基地。
