自动化系是福建省系统工程学会、厦门市系统工程学会、厦门市自动化学会的挂靠单位。现有专职教师39人，其中全职教授11人、副教授14人、助理教授14人，其中具有博士学位的共33人，师资力量雄厚，年龄结构和知识结构合理。自动化系先后聘请国内一些知名学者为我系兼职教授，他们是闵桂荣、张国富、叶培健等，兼职教授为促进我系的发展做出了很大的贡献。
自动化系现有在校本科生395人、硕士研究生270人、博士研究生33人和在读工程硕士136名；多年来，自动化学子在全国大学生数学建模竞赛、中国机器人大赛和全国大学生智能车汽车竞赛中频频获奖，也是国内唯一两次荣获全国大学生数学建模竞赛“高教社杯”特等奖的高校。自动化系向国家和高科技部门例如中国空间技术研究院等部门输送了许多优秀毕业生。
自动化系具有一支高学术水平的师资队伍，专任教师四十多名，其中正副教授二十多名，近年在国内外学术刊物上发表论文四百余篇，正式出版教材、专著十多部，承担大量国家自然科学基金、高等学校博士学科点专项科研基金、省自然科学基金、省重点科技项目、国际合作项目等科研课题。近五年，自动化系获省部级以上科技成果奖 11项，其中获全军科技进步奖 1项、省部级科技进步奖10项；出版专著 9部，在国内外重要学术刊物上发表学术论文1300多篇；获得国家专利（包括实用新型专利）10多项。自动化系先后承担了国家 973项目等65项国家和省部级科研项目以及40多项各类横向科技项目。自动化系在复杂运动体控制技术、生物信息与生物计算等领域具有较强实力，形成了稳定的并具有一定特色的研究方向，受到国际控制科学界的重视，并为国家经济建设和国防安全等做出了积极贡献。
自动化专业目前拥有控制理论与控制工程、系统工程两个二级学科博士点，控制科学与工程一级学科硕士点，控制工程专业工程硕士点及自动化本科专业，形成了从本科、硕士到博士的完整人才培养体系。
自动化专业对应控制科学与工程一级学科，涵盖控制理论与控制工程、检测技术与自动化装置、系统工程、模式识别与智能系统、导航制导与控制五个二级学科。自动化系的学生近年来在数学建模、智能车以及足球机器人等国内国际竞赛中屡获一等奖。自动化系的毕业生就业前景极其乐观，历年来就业率一直名列前茅。我们的毕业生去向包括谷歌、百度、华为等顶尖IT企业，毕马威等著名金融、投资和咨询公司，广电、电力、三大通信运营商及各大航空公司等大型国企，以及国家事业单位、高校、科研院所及国内外著名高校的继续深造；工作领域涵盖自动化、计算机、企业管理、系统工程、电子商务、金融等领域；工作性质包括技术开发、投资、管理、科学研究及工程应用等。
主要课程：自动化专业概论、电路原理、电子技术、计算机原理及应用、C语言程序设计、工程制图、软件技术基础、信号与系统、自动控制原理、运筹学、计算机网络、系统辨识、电机与电力拖动、仪表与过程控制、计算机控制、数据库原理与技术、管理信息系统、系统工程学、人工智能原理与应用、可编控制器应用技术、单片机及其应用、控制系统设计、滤波与信号处理、面向对象技术与Java程序设计、系统工程案例分析、现代企业管理与决策、计算方法、模式识别、数字图象处理、多媒体技术基础等。
